Octavos de final:
Polideportivo Ejido-Espanyol
Racing de Santander-Valencia
Sporting de Gijón-Valladolid
Real Unión-Betis
Sevilla-Deportivo de la Coruña
Atlético de Madrid-Barcelona
Osasuna-Athletic de Bilbao
Mallorca-Almería
La ida se jugará el 7 de enero de 2009 y el partido de vuelta el 14 de enero.
Cuartos de final:
PARTIDO 1: Vencedor del Osasuna - Athletic contra el vencedor del Sporting - Valladolid
PARTIDO 2: Vencedor del Mallorca - Almería contra el vencedor del Real Unión - Betis
PARTIDO 3: Vencedor del Poli Ejido - Espanyol contra el vencedor del Atlético - Barcelona
PARTIDO 4: Vencedor del Racing - Valencia contra el vencedor del Sevilla - Deportivo
La ida se jugará el 21 de enero y la vuelta el 28 de enero de 2009.
Semifinales:
Ganador del Partido 4 contra el ganador del Partido 1
Ganador del Partido 3 contra el ganador del Partido 2
La ida se jugará el 4 de febrero y la vuelta el 4 de marzo de 2009.
